El asesinato del rector, Ignacio Ellacuría; del vicerrector académico, Ignacio Martín-Baró; del director del IDHUCA, Segundo Montes; del director de la Biblioteca de Teología, Juan Ramón Moreno; de un profesor de Filosofía, Amando López, quienes además eran docentes, investigadores y escritores; junto con otro jesuita, Joaquín López, director de Fe y Alegría; y de dos mujeres, Elba y Celina Ramos, el 16 de noviembre de 1989, causó un impacto enorme en la Universidad. Pues no solo implicaron la desaparición física de una parte muy significativa de la dirección de la UCA, sino que además asestaron un golpe muy fuerte a la estructura universitaria, que se tambaleó. No se trataba solo de reemplazar a los mártires en los cargos y las responsabilidades respectivas, sino de reconstituir la identidad y la mística institucionales, gravemente maltrechas por la masacre. De este segundo impacto más trascendental no se tuvo conciencia plena de forma inmediata. En los primeros años, se percibió como falta de dirección e incluso de sentido. La UCA necesitó cinco años para recuperarse del golpe.
El 16 de noviembre se ha vuelto una fecha emblemática para la Universidad, en la cual recuerda anualmente su identidad y su misión con una serie de actividades académicas, culturales y festivas, a las cuales concurre una gran cantidad de gente que se siente identificada con la causa de los mártires. En los últimos años, la participación de los estudiantes ha sido notable. No hay que olvidar que los fundamentos de la UCA fueron puestos por los mártires, en particular por Ignacio Ellacuría. Por eso, al logotipo se le añadió una cruz, la señal del martirio.
La labor de estos jesuitas y de la UCA misma fue reconocida internacionalmente con una serie de premios, en particular el Príncipe de Asturias, la medalla de todas las universidades españolas, y varios doctorados honoris causa y medallas de las universidades de Estados Unidos. Asimismo, la UCA firmó una serie de convenios con otras instituciones de educación superior, algunos de los cuales han sido muy importantes, porque han facilitado el intercambio de profesores.
El Caso Jesuitas, la historia de la UCA y el pensamiento de sus mártires están recogidos en diversas publicaciones en español e inglés. Al tratar de explicar las causas del asesinato, los autores de estas obras no pueden evitar entrar en el ser de la Universidad a lo largo de esos años.
No obstante la incertidumbre inmediata, la UCA no se detuvo. En el área académica, impulsó nuevos proyectos, algunos de los cuales habían sido formulados previamente. Se abrieron tres carreras nuevas: la Licenciatura en Comunicación y Periodismo (1992), que incluye la especialidad de Comunicación para el Desarrollo, el Doctorado en Filosofía Iberoamericana y la Maestría en Salud Pública (ambas en 1997). Los proyectos de Comunicación y Salud Pública han sido posibles gracias a cuantiosas donaciones provenientes del exterior. Estos incluyen edificios, laboratorios, bibliografía y equipo. El primero está concluido, el segundo está en proceso. El de Salud Pública comenzó en 1992, formando promotores, en una zona suburbana de San Salvador. Esta dimensión tuvo que abandonarse por ser inviable, aunque la formación de promotores del Ministerio de Salud y de las organizaciones no gubernamentales es una posibilidad real.
En 1992, se retomó la revisión de los planes de estudio, iniciada en la década anterior. El final de la guerra, los cambios ocurridos en el país y en el mundo, y la antigüedad de los planes vigentes así lo exigían. La Vicerrectoría Académica hizo consultas sobre los criterios según los cuales se haría la revisión. Al comenzar la reforma educativa, el proceso se detuvo para acomodar los nuevos planes a los requerimientos del Ministerio de Educación.
El área que más transformaciones experimentó fue la de ingeniería. La estructura departamental existente se repensó de cara a las necesidades y los avances de la ciencia y la tecnología, y, después de amplias y largas discusiones, los miembros de los departamentos fueron reagrupados de acuerdo a áreas (Electrónica e Informática, Tecnología de Procesos y Sistemas, Mecánica Estructural, Ciencias Energéticas y Fluídicas, Matemática, Ciencias Naturales, y Organización del Espacio), a finales de 1996. Esta reestructuración fue acompañada de una fuerte inversión en laboratorios.
Asimismo, se modificó la estructura de la Dirección Académica. A finales de los ochenta, la Vicerrectoría Académica se había subdividido en una Vicerrectoría de Investigación y Grados Superiores y otra de Grados Básicos. La idea era aligerar el trabajo administrativo académico, concentrar la investigación y promover el lanzamiento de postgrados en una vicerrectoría específica. En 1993, a la Vicerrectoría Académica se le agregaron tres vicerrectorías adjuntas, una para Ingeniería y Arquitectura, otra para Ciencias Sociales y Humanidades y la tercera para la Administración Académica. En 1996, se optó por simplificar esta estructura, eliminando dos vicerrectorías adjuntas y dejando solo la de Ingeniería y Arquitectura.
Simultáneamente, se revisó de nuevo la organización interna de la UCA, reelaborándose el “Manual de funcionamiento” y algunos reglamentos. Parte de este esfuerzo fue la revisión de los estatutos, teniendo delante el anteproyecto de ley de educación superior, en cuya elaboración se participó. De hecho, la ley actual está basada en una propuesta elaborada por la Universidad, a mediados de los ochenta. El consejo superior universitario tradicional se transformó en consejo universitario, porque en el antiguo solo estaba representado el personal académico.
Se crearon nuevas unidades y programas: el Instituto de Educación, que luego se convirtió en Departamento de Educación, el cual, además de atender las necesidades internas de la UCA, apoya la reforma educativa del país, así como el Departamento de Salud Pública y la Maestría en Gestión del Medio Ambiente. En la actualidad, la UCA cuenta con fibra óptica, una red interna con acceso a Internet y varios procesos automatizados (Registro Académico, Administración Financiera y las bibliotecas).
La proyección más importante en este período es el martirio de los jesuitas y las dos mujeres, porque su asesinato fue determinante para evidenciar lo absurdo de la guerra e impulsar las negociaciones de paz. El Caso Jesuitas puso a prueba el sistema judicial, dejando en evidencia sus fallas y la necesidad de reformarlo. La UCA prestó especial atención al proceso de negociación y al cumplimiento de los acuerdos de paz, volviéndose un referente obligado de Naciones Unidas y de otras instancias interesadas en él.
La proyección social se potenció de forma notable con la apertura de YSUCA, una emisora radial participativa, educativa e informativa, y con el Centro de Producción Videográfica, que comenzó produciendo un programa de opinión para la televisión comercial y documentales de diverso tipo para instituciones privadas y gubernamentales. Se prescindió del programa por su elevado costo, y se limitó su actividad a lo segundo.
Una novedad de las vicerrectorías académicas y de Proyección Social ha sido la firma continua y creciente de contratos y convenios para prestar servicios a empresas privadas, dependencias estatales y organizaciones no gubernamentales. Esta modalidad supone una relación novedosa con los sectores público y privado, con potencial para enriquecer a ambas partes, así como un acercamiento a la problemática nacional desde una perspectiva distinta e ingresos adicionales para financiar las actividades de la UCA.
En el área administrativa también hubo novedades. De la Vicerrectoría Financiera se desprendió la Dirección Administrativa, responsable del mantenimiento de los edificios y equipos. En estos últimos años, el campus se ha ampliado con nuevos edificios de Comunicación y Salud Pública, y la ampliación de Administración Central y del Edificio “B” de Profesores. Estos últimos se han construido con recursos propios.