En 1972, siete años después de su fundación y mientras la expansión física se desarrollaba, la dirección de la UCA se concentró en la revisión de su organización interna. El resultado de esta primera revisión fue determinante para el futuro, porque puso las bases sobre las cuales se asienta la UCA en la actualidad. La necesidad de esta revisión surgió porque la mayoría del personal estaba dedicado a la docencia y a la administración. Cada vez que se intentaba hacer un esfuerzo interdisciplinario de investigación, se desataba una crisis. Por eso, no había investigación institucional ni permanente. La proyección social era aún más precaria y fragmentaria. El crecimiento rápido del personal había sido poco planificado, sin definir sus funciones ni responsabilidades con claridad. Consecuencia de ello era que el personal, aunque reducido, carecía de coordinación y orientación. La indefinición de funciones dificultaba, además, asignar responsabilidades. Una buena parte del personal consideró que la organización por facultades era inadecuada para los objetivos institucionales.
La reorganización de la UCA, en 1972, se fundamentaba en un modelo matricial. Se crearon nuevas unidades, llamadas departamentos, paralelas a las facultades, que en virtud de la especialización de funciones, se dedicarían a promover, coordinar y facilitar las ignoradas funciones de investigación y proyección social. Los departamentos son unidades encargadas del saber de una disciplina o de un grupo de ellas. Agrupan a los académicos que hacen docencia, investigación y proyección social propia de esa disciplina, y prestan servicios a todas las facultades y unidades de la Universidad. Así, pues, el departamento es una unidad disciplinar e interfuncional.
De este modo, ninguna unidad básica de la estructura académica se subordina de forma exclusiva a otra. Todas están estrechamente coordinadas entre sí y por la Vicerrectoría. Los problemas académicos son resueltos conjuntamente por el decano de la facultad, el jefe de departamento y la Vicerrectoría. Los problemas de investigación y proyección social son resueltos por los jefes de las unidades implicadas y el vicerrector académico.
El nuevo planteamiento fue divulgado y discutido ampliamente con el personal docente y administrativo. Después de introducir numerosos e importantes ajustes, el proyecto fue aprobado a finales de 1972. Desde entonces, el Manual de organización y consideraciones justificativas (San Salvador, 1972) ha sido un punto de referencia fundamental para el quehacer universitario de la UCA.
La reestructuración contemplaba, además, la creación de un instituto de investigaciones, un centro de proyección social, un decanato de estudiantes y una secretaría de comunicaciones. El primero promovería y coordinaría dicha actividad. Antes de su creación se habían iniciado dos investigaciones interdisciplinares: una sobre los costos y beneficios sociales de la electrificación rural en el país, y otra del proceso político comprendido entre julio de 1971 y julio de 1972. Fue un esfuerzo interdisciplinario por documentar científicamente el fraude electoral. La primera investigación fue financiada por el Banco Mundial, duró casi dos años y sus resultados están recogidos en cuatro gruesos volúmenes y en una base de datos. La segunda se publicó en lo que fue el segundo libro de la UCA: El Salvador, año político 1971-1972.
Una tercera investigación, de menos envergadura, fue un estudio evaluativo del movimiento cooperativo, auspiciado por la Fundación Promotora de Cooperativas, en 1973. Ese mismo año, se iniciaron otras tres investigaciones sobre la historia económica del país, la reforma agraria, la marginalidad urbana y la vivienda mínima. La segunda implicó la docencia, pues se llevó a cabo en forma de seminarios en varias disciplinas, en uno de los cuales incluso participaron oficiales de la Fuerza Armada. Asimismo, en el área tecnológica se dieron unos primeros pasos, todavía tímidos, en la producción de alimentos, en materiales para vivienda de bajo costo y el aprovechamiento de los recursos propios.
Fue en ese contexto, de numerosos obstáculos, problemas y deficiencias, que inició la investigación institucional de la UCA. Aunque el Instituto de Investigaciones desapareció, esta siguió cultivándose en los departamentos, y sus resultados se dieron a conocer en libros, revistas, seminarios y conferencias. Entre estos, destacaron los estudios sobre la emigración y las remesas, la pobreza, el compadrazgo, la educación, la guerra, la negociación y la estructura social. A comienzos de la década de los noventa, se volvió a crear un Instituto de Investigaciones Económicas y Sociales, que tuvo corta vida. Aunque ello no ha impedido la investigación institucional.
El Centro de Proyección Social se convirtió en el Centro de Servicio Social, unidad encargada de que los estudiantes de pregrado cumplan con el servicio social obligatorio. Esta transformación se debe al peso específico de los estudiantes mismos y a la identidad que adquirieron las unidades dedicadas formalmente a la proyección social. El Centro de Servicio Social requiere del apoyo de los departamentos, los cuales colaboran supervisando el trabajo de los estudiantes. Durante la guerra, el alcance del servicio se vio muy reducido, pero desde 1992, se desarrolla cada vez más en comunidades rurales y suburbanas necesitadas.
El Decanato de Estudiantes se orientó a la coordinación de las actividades extracurriculares de los alumnos. Esta función fue muy importante en los años anteriores a la guerra. En parte, por la intensa participación estudiantil. Al estallar la guerra, el miedo a la participación estudiantil redujo sus actividades al deporte y el arte. A principios de la década de los noventa, de esta experiencia surgieron el Centro Cultural Universitario y el Centro Polideportivo, mientras que los asuntos relacionados con el bienestar estudiantil fueron asumidos por los decanatos y los coordinadores de carrera. Actualmente, la unidad responsable es la Dirección de Desarrollo Estudiantil (DiDE).
La Secretaría de Comunicaciones se encargó de canalizar el flujo de información interna y externa. Estaba previsto que la unidad se subdividiera en secciones que se encargarían de la coordinación de sus actividades, contenidos y mensajes. La guerra impidió que la unidad creciera conforme a lo planificado. Sin embargo, continuó funcionando de forma modesta. Las publicaciones impresas, por ejemplo, fueron coordinadas por el Centro Editorial.
En el contexto de la evaluación general de 1973, se revisaron los planes de estudio, según los criterios siguientes: debían incorporar un componente fuerte de educación general, orientado a poner los fundamentos lógicos, culturales, y la motivación de ética de servicio al pueblo salvadoreño; todas las carreras debían tener un núcleo común de materias propias, imprescindibles para la excelencia profesional, y un cierto número de materias electivas, que permitiera a los estudiantes adaptar de forma flexible el plan de estudios a sus intereses, pudiendo así conseguir un mayor grado de especialización en su propia carrera, una competencia mayor en una segunda o ampliar las bases de su cultura general.
El cambio estructural más grande se dio en ingeniería. Se vio que el título de ingeniero industrial con especialidad eléctrica, mecánica o química era demasiado general para las necesidades técnicas del país. Resultado de esta revisión fue la apertura de las ingenierías Química, Mecánica, Industrial y Eléctrica, a las cuales se agregó la Civil, cuya matrícula de primer año se incrementó de forma espectacular.
En l973, la UCA tuvo problemas financieros. Aunque las cuotas y otros pagos estudiantiles nunca habían financiado los gastos corrientes de operación, el déficit era cubierto con las becas del Gobierno y algunas donaciones. Esto último, más el subsidio del Gobierno y los préstamos, permitió acumular una reserva pequeña, que era utilizada para cubrir las inversiones. Sin embargo, la inflación y el volumen creciente de operaciones de la UCA hicieron que los pagos estudiantiles, las becas y las donaciones resultaran insuficientes. Por primera vez, la UCA subió las cuotas de los estudiantes.
Al año siguiente, estas cuotas se diferenciaron, según el ingreso familiar. Este sistema se fundamenta en el principio solidario de que se debe contribuir a una causa justa de interés común, según las capacidades de cada persona. De esta manera, se evitó una subida de cuotas general e indiscriminada, aunque la UCA siempre ha sostenido que los gastos de operación deben ser cubiertos por los beneficiarios más directos del servicio prestado. Antes de dar este paso, se sondeó la disponibilidad de los estudiantes. Luego, se hicieron los estudios técnicos, y el sistema se implantó a finales de 1974. Una unidad administrativa, la Oficina de Cuotas Diferenciadas, es la encargada de operar el sistema. En la actualidad, este sigue vigente, aunque los rangos del escalafón son revisados anualmente para mantener el ritmo de la inflación y del costo de la educación superior.
La estructura del personal de la UCA también fue modificada, en 1973. Se estableció un escalafón que respondiera a las exigencias de justicia, conforme a los criterios siguientes: garantizar los mínimos de una vida digna a todos sus trabajadores, reducir las desigualdades económicas internas y aproximar el escalafón para dar a cada quien según sus necesidades y requerir según sus posibilidades. El personal se organizó en seis categorías con un límite menor y uno mayor, con escalones intermedios entre estos límites. Se estableció un sistema de promoción automática, según el cual cada aumento era inversamente proporcional al sueldo devengado. Al igual que los otros cambios, este también fue presentado y discutido con el personal antes de implementarlo.
La inflación de la década de los setenta hizo imposible reducir de forma drástica las desigualdades económicas internas. Sin embargo, el sistema se mantiene en la actualidad con doce categorías, con las que se hacen las promociones y los aumentos salariales, los cuales son inversamente proporcionales al sueldo devengado. A esto se añaden las prestaciones de la UCA. Al comienzo, la Universidad garantizaba el salario completo por seis meses en caso de enfermedad o accidente. Luego, se ofreció el seguro de vida, el seguro médico, la despensa familiar, la ayuda escolar, las cuotas especiales para estudiar en ella, descuentos especiales por otros servicios y los préstamos personales, entre otros. La mayoría de estas prestaciones son financiadas por los aportes de la UCA y del empleado.
En 1971 se fundó la Asociación Salvadoreña de Educadores de la Universidad Centroamericana “José Simeón Cañas”, cuyo propósito era apoyar financieramente a sus miembros, con el respaldo de la institución. No obstante, tuvo una vida breve.