La UCA aprovechó la celebración de sus primeros diez años para reflexionar sobre lo que había sido esa década y para plantearse los desafíos de la siguiente. Así, 1975 fue un año dedicado a evaluar y planificar. La situación objetiva de la Universidad reclamaba respuestas claras a preguntas no del todo contestadas y soluciones concretas a problemas no del todo resueltos. El peso creciente de la UCA en el país y su orientación ideológica exigían considerar la cuestión de cómo emplear esa influencia institucional en la transformación de la sociedad. Esta problemática está plasmada en dos documentos. El primero es un libro de Román Mayorga Q., La universidad para el cambio social (UCA Editores, 1976); y el segundo es una edición extraordinaria de ECA, “La UCA diez años después” (324-325, octubre-noviembre de 1975).
El proceso fue retomado a principios de 1976, cuando la junta de directores inició consultas intensas para replantear la misión de la UCA de cara al segundo préstamo del Banco Interamericano de Desarrollo. De aquí salió un documento que sirvió para una discusión amplia y detallada que duró cinco meses, y en la cual participaron veinte personas. El resultado de este proceso está recogido en Las funciones fundamentales de la universidad y su operativización (UCA, 1979). El documento tiene tres partes. En la primera y en la segunda se definen la identidad y las tres funciones (docencia, investigación y proyección social) de la UCA, mientras que en la tercera se explica la operativización de las dos anteriores.
Parte de este esfuerzo fue una nueva reforma curricular. Había descontento porque las carreras eran excesivamente profesionalizantes, en sentido reductor. En consecuencia, la carrera no podía ser concebida solo como capacitación adecuada para ejercer una profesión: había que integrar la dimensión ética. Desde esta perspectiva, se revisaron los planes de estudio y los métodos de enseñanza y evaluación. Asimismo, se consolidó el registro académico, se pusieron las bases para los primeros postgrados y se estableció la política de admisión, creando el Centro de Admisiones, el cual, desde entonces, promueve a la UCA en los centros de educación media, publica folletos con orientación sobre la institución y sus carreras, practica diagnósticos vocacionales, organiza el cursillo de admisión y elabora sus propios libros de texto. Los decanos y los departamentos colaboran con estas tareas.
En este contexto, el Centro de Reflexión Teológica, fundado por la Compañía de Jesús en 1974, inició sus actividades en la UCA, en 1975. En ese mismo año, se abrieron las carreras de Sociología y Ciencias Políticas. Esta última fue una experiencia muy interesante e importante para El Salvador, porque abrió un espacio para que políticos de diversas ideologías pudieran discutir los problemas del país, en un contexto académico. En 1978 se agregó la Licenciatura en Computación. Asimismo, se ofrecieron dos planes complementarios en Economía, Administración de Empresas e Ingeniería Industrial, y al Profesorado en Educación Media de Matemática y Física (1971) se agregaron Biología, Química y Filosofía.
El deterioro de la situación del país y, en particular, el golpe de Estado de 1979 impidieron que la UCA profundizara en los cambios internos. Aparte de la crisis política, que llevó al país a la guerra, la primera junta de Gobierno y su fracaso implicaron para la Universidad la pérdida de personal muy valioso. La UCA se vio en serios aprietos por la salida de una parte del personal más cualificado, que primero se integró al Gobierno y luego pasó al exilio. Pocos meses después estalló la guerra, y el rector de la Universidad, Ignacio Ellacuría, también se vio forzado a pasar varios meses en el exilio. En los primeros años de la década de los ochenta, varias autoridades y profesores estuvieron temporalmente fuera del país por razones de seguridad personal.