A lo largo de su historia, la UCA ha ido descubriendo su misión, identidad y funciones. Estos conceptos no aparecieron de forma acabada de una vez. Consistente con su visión, los ha ido historizando; por lo tanto, son conceptos dinámicos. A continuación, se sintetiza el pensamiento que da cuenta del ser y práctica de la UCA en la actualidad.
El centro de la UCA: el problema del país
El sentido último de la UCA está en su incidencia en la realidad histórica de El Salvador. Desde sus orígenes, se fue constituyendo no centrada en sí misma, ni en su personal, ni en su campus, ni siquiera en sus estudiantes, sino que puso su centro fuera de sí misma, en el problema del país. La UCA siempre ha considerado a El Salvador como su problema principal. La situación del país hizo y sigue haciendo ineludible esta descentralización. Ahora bien, para enfrentar ese problema son necesarias la ciencia, la investigación y la relación con las mayorías populares. Al poner el centro de su quehacer en El Salvador como problema, la UCA entra en el ámbito de lo político. A lo largo de su historia, ha encontrado la forma de hacer política universitariamente, distinguiéndose de quienes quieren hacer, de forma equivocada, labor política sin hacer labor académica y también de quienes quieren hacer labor académica sin hacer labor política. De esta manera, lo universitario determina la forma de hacer política de la UCA y lo político determina cómo cumple con su misión universitaria. Las exigencias de la realidad determinan qué debe hacer, mientras que las exigencias académicas determinan el modo de ese hacer.
Al poner su centro fuera de sí, la UCA tuvo que optar por el cambio social y por constituirse en la mejor universidad posible. Al optar por el primero, se dedica formal y explícitamente a defender los derechos fundamentales de las mayorías populares empobrecidas y oprimidas, desde el horizonte de su liberación. Por su peso cuantitativo y la complejidad de sus problemas, estas mayorías constituyen el problema del país. Su existencia representa, en sí misma, la negación de la verdad y la razón por parte de la injusticia.
La superación de este hecho masivo, injusto e irracional es uno de los mayores desafíos que se presentan a la inteligencia y la voluntad de la UCA, que se siente obligada a encontrar la respuesta teórica adecuada y la solución práctica eficaz. Por ello, lucha en favor de la liberación, porque solo en la medida en que la injusticia retroceda se abrirá la posibilidad real para la verdad, la justicia y la libertad. Así, pues, la UCA, como un todo, y sus partes, diversas y específicas —las cuales pueden y deben tener otros objetivos inmediatos—, se han puesto al servicio de esa opción.